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Résumé :
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L'individu dont l'ADN est exploré est un Misthios né et élevé en Sparte par ses parents Nikolaos et Myrrine. Le Misthios a hérité de la lance de Léonidas, dont il est un des descendants. Mais un jour, une prophétie de l'Oracle de Sparte force Nikolaos à sacrifier son plus jeune enfant ; en voulant le sauver, le Misthios tombe également avec la Lance. Il fuit Sparte et trouve refuge à Kephallonia, où il grandit, recueilli par Markos, un escroc qu'il protège. Alors que la guerre du Péloponnèse éclate, le Misthios est approché par Elpenor, un homme intrigant qui l'engage pour tuer le Loup de Sparte, un général de l'armée spartiate qui n'est autre que Nikolaos. Le Misthios parvient à l'approcher et Nikolaos lui révèle qu'il n'est pas son père biologique et que sa mère est en danger. Elpenor connaissait également la vérité, souhaitait la mort du Loup pour prolonger la guerre, et fuit quand le Misthios menace de le tuer pour lui avoir proposé de tuer Myrrine. En quête de réponses, le Misthios demande conseil à l'Oracle de Delphes, qui la chasse de son temple en reconnaissant la Lance et l'avertit de la menace du Culte de Kosmos qui veut sa mort. En apprenant qu'Elpenor est membre du Culte, le Misthios le tue et vole son masque pour s'introduire dans leur repère afin d'assister à leur réunion. Réunis autour d'une stèle pyramidale de l'ancienne civilisation, les membres du Culte comptent profiter de la guerre pour prendre le pouvoir, menés par Deimos, le frère/la soeur du Misthios qu'il/elle croyait mort bébé mais a survécu à la chute et devenu un combattant violent et totalement soumis aux préceptes du Culte. Le Misthios jure la fin du Culte et part à travers toute la Grèce traquer les membres et obtenir quelques indices pour retrouver Myrrine. Le Misthios rencontre à Athènes le couple à la tête de la cité, Périclès et sa compagne Aspasia. Après avoir tué plusieurs membres du Culte, le Misthios ne peut empêcher l'assassinat de Périclès par Deimos et voit Cléon lui succéder, alors qu'Athènes est ravagée par la peste. Le Misthios retrouve également Myrrine, devenue pirate sur l'île de Naxos qui lui révèle que son véritable père est Pythagore, maintenu en vie par un artefact des Précurseurs, le Bâton d'Hermès. Myrrine et Pythagore expliquent qu'Alexios et Kassandra ont été conçus pour préserver la lignée de Léonidas, fortement liée aux Précurseurs et leurs artefacts, comme la Lance de Léonidas. Pythagore s'est terré dans un des sanctuaires des Précurseurs où il garde la porte vers l'Atlantide de ceux qui voudraient s'emparer du savoir contenu dans le lieu, comme le Culte, et charge le Misthios de récupérer des artefacts pour en fermer la porte. Le Misthios traque les derniers membres du Culte, découvrant peu à peu comment Deimos a été sauvé, recueilli et endoctriné par le Culte, finit par démasquer Cléon comme l'un d'eux, et tue celui-ci dans la bataille d'Amphipolis. Les survivants de la famille du Misthios se réunissent et retrouvent la maison familiale en Sparte. La guerre terminée et le Culte détruit, le Misthios se rend dans le repaire du Culte sous le temple de Delphes pour y détruire la pyramide des Précurseurs qui donnait des visions de l'avenir à ceux qui la touchait. Aspasia la rejoint, révélant avoir été à la tête du Culte pendant un temps jusqu'à ce qu'elle voit les membres du Culte corrompus par leur soif de pouvoir. Le joueur a le choix de l'épargner ou non, mais elle disparaît après. En réunissant les artefacts pour fermer la porte de l'Atlantide – ayant dû pour cela vaincre les créatures mythologiques créées pour garder –, le Misthios active un enregistrement d'Aletheia, disant à Layla que la technologie des Précurseurs doit être détruite pour libérer les humains. Devant cette révélation, Pythagore lègue le Bâton au Misthios et meurt. Sortant de l'Animus, Layla utilise toutes les informations de son exploration pour retrouver l'Atlantide et ouvrir la porte. Alors que les Assassins découvrent son contenu, Layla voit le Misthios la rejoindre, encore en vie grâce au Bâton. Le Misthios lui donne sa dernière leçon : le monde doit trouver un équilibre entre ordre et chaos, entre les Templiers et les Assassins, et si la balance penche trop d'un côté, le monde court à sa perte. Le Misthios donne alors à son tour le Bâton à Layla, qu'il/elle voit comme celle qui trouvera le point d'équilibre, mourant à son tour.
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